09 Jun 07 Sains 2020: Computational Biology

Musim panas 2005, berkumpul pakar (international expert group) dalam suatu workshop (disponsori oleh Microsoft) untuk mendefinisikan dan menghasilkan suatu visi baru dan ‘roadmap’ dari evolusi, tantangan dan potensi penelitian ‘computer science’ dan ‘computing in science’ untuk 15 tahun ke depan.

Dokumen hasil workshop, Towards 2020 Science, memuat tantangan dan kesempatan yang muncul akibat peningkatan sintesis dari komputasi dan sains. Dokumen juga menam- pilkan hasil identifikasi akan hal-hal penting yang diperlukan untuk mempercepat kemajuan saintifik, terutama yang di-drive ‘computational sciences’ dan the ‘new kinds’ of science’ : sintesis komputasi dan sains. Sintesis ini memuncul bidang baru dan advances mulai dari genomics dan proteomics, ilmu bumi dan klimatology, material nano, kimia dan fisika.

Para pakar berharap, Towards 2020 Science akan menjadi suatu ‘pathfinder’ bagi arah penelitian baru dalam sain dan komputasi.

Hal penting yang perlu di catat adalah bahwa menuju tahun 2020: a) riset lebih di arahkan ke Computational Biology (dan tahun 2020 riset computational biology sudah benar-benar ‘establish), b) Ilmu komputer akan menjadi tool utama (core tools) wajib bagi ilmu non-eksakta, sebagaimana matematika menjadi tool bagi semua ilmu.

Sudah saat bagi kita untuk ikut serta melakukan penelitian pada computional biology. Beberapa link sebagai pengantar computational biology:

http://www.biodirectory.com/biowiki/Main_Page

http://www.biodirectory.com/biowiki/Computational_biology

http://en.wikipedia.org/wiki/Computational_biology

http://www.soe.ucsc.edu/~karplus/compbio_pages.html

http://www.cmu.edu/bio/education/courses/03510/LectureNotes/

http://compbiol.plosjournals.org/

07 Jun 07 Semantic e-Science untuk Biomedicine

BMC bioinformatics telah menerbitkan sebuah supplement dengan issue khusus terkait dengan Semantic e-science for biomedicine. Supplement memuat enam papers yang up-to- date terkait penggunaan “semantic web technologies” pada life-sciences atau biomedicine. Topik-topik meliputi mulai modelling networks sampai ke “traditional Chinese Medicine”.

Salah satu paper yaitu Advancing translational medicine research with the semantic web menyajikan sebuah overview dari “W3C Semantic Web Health Care and Life Sciences Interest Group (HCLSIG)”. Paper ini mendeskripsikan tujuan dari HCLSIG dan sebuah contoh use-case yang mengcover pencapaian dan arah kedepan dari grup. Tidak seperti kebanyakan paper-paper “Semantic Web”, paper-paper menyajikan suatu gambaran dasar yang baik mengenai teknologi dan tantangan semantic web pada biomedicine, dan tidak memproklamirkan untuk menyelesaikan masalah ‘bio-data’ melalui penerapan sebuah set teknologi baru.